Naruto: Clã Uzumaki

História:
Esse Clã vem do extinto País do Redemoinho, o qual foi destruído durante a Terceira Grande Guerra Ninja. A mãe de Uzumaki Naruto, Uzumaki Kushina, é a única integrante conhecida desse clã, não se sabe se ainda existem outros membros, ou se foram todos mortos na Terceira Grande Guerra Ninja. Uzumaki Naruto não sabe da existência desse clã, sendo que os únicos que conhecem o País do Redemoinho são, aparentemente, Senju Tsunade e Jiraiya. Ao que tudo indica, Uzumaki Naruto é o único remanescente do Clã Uzumaki.

Naruto: Clã Hatake

Um dos clãs pouco conhecidos em Konoha, o Clã Hatake era especialista em utilizar cães e técnicas de rastreamento, como o famoso Clã Inuzuka. Somente dois de seus membros são conhecidos: Hatake Sakumo, o Canino Branco da Folha; e Hatake Kakashi, filho de Hatake Sakumo, chamado de Guerreiro Sharingan.
Diferentemente do Clã Inuzuka, o uso de cães e Nujinko no Jutsu era feito com o auxílio de pergaminhos. Isso é mostrado durante a luta entre Hatake Kakashi e Momochi Zabuza na ponte de Tazuna. Envolto pelo Kirigakure no Jutsu, Hatake Kakashi usa os Ninken (cães ninjas) por meio de invocação com um pergaminho e, aliando ao Doton, ataca com o Hijutsu Ninpou Kuchiyose • Doton: Tsuiga no Jutsu.

Os membros do clã Hatake usam máscaras (talvez pelo simbolismo que a ANBU também possui, com relação a serem perseguidores) desde pequenos, e as invocações e técnicas são ensinadas de pai para filho.

Naruto: Clã Senju da Floresta

História:
O Clã Senju da Floresta é um Clã muito antigo, na qual seu líder era o Primeiro Hokage, também tinha como membros o Segundo Hokage. Foi revelado recentemente que na verdade Konoha foi criado a partir da junção do Clã Senju e o Clã Uchiha, em que Uchiha Madara era líder. Por problemas políticos Hashirama Senju e Uchiha Madara se enfrentaram no Vale do Fim (vale no qual Uzumaki Naruto e Uchiha Sasuke se enfrentaram), sendo que Hashirama Senju saiu vitorioso, e mais tarde se tornou o Primeiro Hokage de Konoha. Mais tarde o irmão de Shodaime Hokage,Tobirama Senju se torna o Nidaime Hokage.

Os membros conhecidos são: Hashirama Senju (Shodaime Hokage), Nidaime Hokage Tobirama Senju, Tsunade (Godaime Hokage).

Naruto: Clã Yotsuki

Esse clã é originário de Rai no Kuni, na Kumogakure no Sato. Somente um integrante seu foi mostrado. Durante a invasão do grupo Taka a essa vila um integrante do Clã foi pego para interrogatório, onde primeiramente Suigetsu o interrogou, sem obter exito, e posteriomente por Uchiha Sasuke que com seu novo Sharingan obtêm exito em retirar a informação desse membro, sendo ela a localização do Jinchuuriki da Hachibi.

Naruto: Clã Kurama

História:
Clã originário de Konoha. Algumas gerações de membros do Clã Kurama nasceram com o incrível talento para Genjutsu. Seus genjutsus são completamente irresistíveis, tanto que somente uma pessoa de fora pode tirá-la do transe. Além do mais, o Genjutsu é tão poderoso que faz o cérebro crer que o que ocorre com a vítima no Genjutsu é real e se manifesta no corpo dela, permitindo a um membro do clã potencialmente matar seus oponentes com Genjutsu. Contudo, o usuário raramente controla a extenção total das suas habilidades, e com tal seu subconsciente irá geralmente regular esse poder, podendo surgir uma segunda personalidade que controla este poder. Esta personalidade então sobrepõe a original, transformando o indivíduo num monstro que é perigoso a todos que estiverem ao seu redor, como aconteceu com a prodígio do clã, Kurama Yakumo.

Com essa habilidade especial sobre os genjutsus, essas gerações tem o controle sobre todos os genjutsus ativos e passivos, seu controle só não se estende aos genjutsus provenientes de Kekkei Genkai, como o caso do Tsukuyomi do Clã Uchiha, esse controle deve-se ao fato de uma Kekkei Genkai especial do Clã Kurama.

Dentre os Genjutsus mais usados destaca-se o Kokohi no Jutsu, que cria ilusões baseadas em florestas de árvores gigantes.

Naruto: Clã Koori

História:
Clã Koori é o suposto clã de quem Haku é membro, assim como sua mãe. Após a guerra civil no País da Água, todos se revoltaram contra os herdeiros de Kekkei Genkai, por considerarem perigosos demais para os habitantes. Foi por essa razão que o Clã Kaguya, também originário da Vila Oculta da Névoa, atacou os habitantes e acabou extinto.

Durante a guerra (que dizem ter sido iniciada pelo Clã Kaguya), Haku, ainda criança, desperta a Kekkei Genkai ao ver sua mãe, também portadora dessa habilidade, ser morta na sua frente pelo seu pai, que passou a temer e odiar sua família. Ao ver isso, Haku acaba matando todos com seu poder.

Alguns membros do Clã Koori possuem o Hyouton no Jutsu, ninjutsu que permite manipular o Hyuuton (gelo) e uma maior facilidade com o Suiton no Jutsu e Fuuton no Jutsu.

Podendo manipular o Suiton (Água) e o Fuuton (Vento), desta maneira, eles podem criar o Hyuuton (Gelo) graças a sua Kekkei Genkai, e usam Jutsus que apenas sua linhagem é capaz, como os Espelhos de Gelo Demoníacos e as Agulhas voadoras Aquáticas.

Naruto: Clã Yamanaka

Resumo: Os Yamanaka possuem hijutsu bastante interessante e útil: a capacidade de controlar a mente dos adversários.

Origem: Konohagakure no Sato (Vila Oculta da Folha)
Membros conhecidos: Yamanaka Ino, Yamanaka Inochi
Técnicas Exclusivas: Shintenshin no Jutsu, Shiranshin no Jutsu

Mais um clã pertencente à Konoha, apesar de ser muito pouco explorado ao longo da série. Apesar de não possuírem nenhuma kekkei genkai, os Yamanaka possuem hijutsu bastante interessante e útil: a capacidade de controlar a mente dos adversários. A representante mais ativa dessa família na série, Yamanaka Ino, já mostrou ser capaz transferir a própria consciência para a de outras pessoas (ou animais), e também de controlar os movimentos dos adversários através da mente. Entretanto, a essência das técnicas desse clã vai mais além - o pai de Ino, Yamanaka Inoichi, é capaz de ler mentes sob circunstâncias específicas, e tem uma ligação telepática com a filha. Aparentemente, o potencial dos hijutsus desse clã é mais bem explorado quando há interação com os Nara e os Akimichi.